組織圖說明：
第一層：所長、所務會議、學術諮詢委員會
第二層：副所長
第三層：分為以下四個部份：- 1. 學術研究
- 1-1 生物資訊實驗室
- 1-2 電腦系統實驗室
- 1-3 資料探勘與機器學習實驗室
- 1-4 多媒體技術實驗室
- 1-5 語言與知識處理實驗室
- 1-6 網路系統與服務實驗室
- 1-7 程式語言與形式方法實驗室
- 1-8 計算理論與演算法實驗室
- 2. 委員會
- 2-1 學術演講系列規劃委員會
- 2-2 學術發展委員會
- 2-3 行政技術人員考核委員會
- 2-4 人事及所務規劃委員會
- 3. 期刊
- 3-1 總編輯
- 3-1-1 JISE編輯
- 3-1 總編輯
- 4. 行政事務
- 4-1 圖書室主任
- 4-1-1 圖書室
- 4-2 資訊室主任
- 4-2-1 資訊室
- 4-3 總務
- 4-4 出納
- 4-5 會計
- 4-6 人事
- 4-7 秘書
- 4-1 圖書室主任